Eine Wurzelkanalbehandlung kann mit verschiedenen Medikamenten begleitet werden. Dies richtet sich nach individuellen Gegebenheiten.
Oftmals wird eine gegen Entzündungen gerichtete Begleittherapie, z.B. durch Ibuprofen eingeleitet. Bei sich bereits ausbreitenden Entzündungen kann ein systemisches Antibiotikum helfen. Im Innenraum des Wurzelkanalsystem kann ebenfalls auf desinfizierende, antiinflammatorische oder antibiotische Pasten zurückgegriffen werden.